De par ses statuts, la Fédération se doit tout d’abord de garantir dans les meilleures conditions la pratique de la pêche aux adhérents des AAPPMA de tout le département. Elle a également un devoir de gestion des ressources piscicoles et de protection des milieux aquatiques. Pour ce faire, elle s’implique dans :
Une politique volontariste d’intervention sur les milieux et les populations par le biais de travaux d’amélioration de l’habitat aquatique et d’études visant à améliorer nos connaissances.
La vigilance vis à vis du maintien de la qualité globale des milieux aquatiques (contrats rivières, relations avec les administrations, lutte contre la pollution, maintien des débits…).
L’encadrement et le soutien aux actions menées par les AAPPMA.
La promotion du loisir « pêche » et la mise en valeur du patrimoine halieutique local.
Plus concrètement, entre 1999 et 2009, la Fédération a réalisé en partenariat avec l’INRA de Thonon des programmes de recherches appliquées à la gestion des populations de truites. L’objectif était de réaliser sur l’ensemble du département un diagnostic complet de nos ressources piscicoles (souches présentes, état et viabilité des populations) et des milieux afin de mettre en place une gestion différenciée et adpatée par bassin versant. Les principaux résultats des ces programmes ont été présentés en novembre 2009, au cours d’une journée d’information aux pêcheurs ayant eu lieu à Bonneville. les actes de ces journées et les présentations sont consultables dans la rubrique Colloques et manifestations.
La Fédération réalise également, sur la demande des AAPPMA, des diagnostics de bassins versants plus localisés visant à mieux connaître les milieux concernés et à y optimiser la gestion piscicole. Les rapports présentant les résultats de ces diagnostics sont consultables dans la rubrique téléchargements.
Suite aux résultats de ces différentes études, des propositions de stratégies de gestion sont faites aux AAPPMA par la Fédération. Ces propositions sont des préconisations, et c’est ensuite aux AAPPMA, en tant que détentrices des baux de pêches et seules gestionnaires de leurs territoires, qu’appartient le choix de mettre en place ou non les plans de gestions élaborés par la Fédération sur la base des résultats d’études.