De par ses statuts, la Fédération se doit tout d'abord de garantir dans les meilleures conditions la pratique de la pêche aux adhérents des AAPPMA de tout le département. Elle a également un devoir de gestion des ressources piscicoles et de protection des milieux aquatiques. Pour se faire, elle s'implique dans :

Une politique volontariste d'intervention sur les milieux et les populations par le biais de travaux d'amélioration de l'habitat aquatique et d'études visant à améliorer nos connaissances.

La vigilance vis à vis du maintient de la qualité globale des milieux aquatiques (contrats rivières, relation avec les administrations, lutte contre la pollution, maintient des débits…).

L'encadrement et le soutien aux actions menées par les AAPPMA.

La promotion du loisir "pêche" et la mise en valeur du patrimoine halieutique local.

Plus concrètement, depuis 1999, la Fédération a lancé par convention avec l'INRA de Thonon, des programmes de recherches appliquées à la gestion des populations de truites. L'objectif est de réaliser sur l'ensemble du département un diagnostic complet de nos ressources piscicoles (souches présentes, état et viabilité des populations) et des milieux afin de mettre en place une gestion différenciée par bassin versant. Grâce aux premiers résultats de nos études sur l'identification des populations de truites autochtones et l'évaluation de l'efficacité des repeuplements, de nouvelles politiques et stratégies de gestion se mettent progressivement en place sur plusieurs bassins versants.